截至100年6月30日止，計有15個通過評鑑之機關(構)：
1.財團法人食品工業發展研究所
2.中央研究院
3.財團法人台灣動物科學研究所
4.工業技術研究院
5.國立中興大學
6.財團法人台灣經濟研究院
7.國立台灣海洋大學
8.台北醫學大學
9.財團法人臺灣金融研訓院
10.國立嘉義大學
11.財團法人台灣香蕉研究所
12.國立屏東科技大學
13.財團法人中華榖類食品工業技術研究所
14.國立台灣大學
15.國立成功大學

農委會委託社團法人中華民國管理科學學會(以下簡稱管科會)執行此項評鑑作業，故有申請意願單位請逕上網址下載相關文件，相關評鑑申請說明的網址為http://www.ipmse.org.tw/

須進行複查作業之機關(構)，複查資料請以前次評鑑委員綜合意見準備範疇；相關作業流程與進行方式請見審查作業手冊。(附檔-研發成果管理制度評鑑作業手冊)。

於每階段實地評鑑後均提供各受評機關(構)一申覆作業階段，受評單位如有異議，可在收到評鑑綜合意見表後7日內針對與事實不符之處提出申覆說明，工作小組於收受申覆說明後，轉呈各評鑑委員，由評鑑委員決定是否修改原意見或建議事項，同時並提出答覆意見，最終將修改後之評審意見提報智審會報告。

對於研發成果管理制度評鑑之準備重點，已提供參考手冊於網頁中，請自行下載參考。（網址為http://www.ipmse.org.tw）

農委會為鼓勵計畫執行單位通過評鑑，依據執行機關(構)申請之計畫類型分類說明相關獎勵措施：
一、獎勵措施
(1)補助計畫
A.依據「行政院農業委員會暨所屬機關科技計畫研提與管理作業規範」規定，通過研發管理制度評鑑之執行機關(構)，在往後年度其所屬任計畫主持人提送之補助計畫，評分平均值加計1分。
B.依據農委會主管計畫經費處理手冊之作業規定，通過農委會研發成果管理制度評鑑之執行機關(構)，該機關(構)次年度申請補助研究計畫可編列行政管理費，編列比例為每一單一或細部計畫按總額扣除設備費金額後之2％計算，惟每一單一或細部計畫之管理費編列以10萬元為限。
(2)委辦計畫
依據「行政院農業委員會暨所屬機關科技計畫研提與管理作業規範」規定，93年度以後通過研發管理制度評鑑之執行機關(構)執行委辦研究計畫，將於評選項目加列「是否通過本會研發成果管理制度評鑑」項目，作為計畫評審配分之調整依據，以獎勵通過之機關(構)。
二、研發成果歸屬措施
除敏感科技、補助或委辦研究計畫契約書另有規定，或研發成果已由本會及所屬機關申請智慧財產權及進行運用者外，研發成果自智審會會議決議通過日起歸屬執行單位所有。

農委會為確保執行農委會計畫之機關(構)擁有計畫研發成果之所有權後，均能良好地自行妥善管理運用，並期各計畫執行機關(構)具備良好的智財管理以及對衍生研發成果收支的管理均具有良好機制運作施行，因此，自93年起辦理研發成果管理制度評鑑，相信通過評鑑之機關(構)對於研發成果之運用將更有自主管理能力，評鑑後的好處還可以簡化執行機關(構)後續成果運用之行政程序，相信將更便利各機關(構)管理與運用。

在機關(構)如擔心資料準備不盡完善，可於提出正式評鑑前申請輔導訪視作業，作業分為兩階段，說明如下：
1.輔導作業：
機關(構)需先針對評鑑查核項目進行自評（自評檢核表請參見手冊附件），自行評估後發現評鑑需查核之各項管理辦法的文件架構均尚未健全的情況下，請機關(構)填寫輔導申請表向管科會提出申請，管科會將邀請資深顧問前往機關(構)協助評鑑文件的資料準備方向。
2.訪視作業：
機關(構)於具備評鑑需查核之各項管理辦法文件後，為能於評鑑前更進一步瞭解評鑑查核重點與資料準備之適當性，可依意願填寫訪視申請表提出申請，並備妥欲申請評鑑書面資料寄至管科會，管科會將安排資深委員臨場，以意見交流座談的方式提供務實建議。

是，原評鑑結果為准予書面或實地複查者，保留其享有1年相關獎勵措施資格，如複查期限超過1年者，將取消該機關(構)享有之獎勵措施，並需重新申請評鑑。

機關(構)之評鑑結果為書面或實地複查者，須於6個月內提出複查申請，並於1年內完成複查作業。