行政院農業委員會（以下簡稱農委會）本著農業施政基本方針—健康、效率、永續經營之全民農業，重新定位台灣農業之重要性及永續價值，並紮根現在、關懷未來、布局全球，帶領台灣農業邁向新的里程碑。而在近年推動農業發展過程中，農委會亦相當重視對智慧財產權的保護，近年的產學合作件數，以及技術移轉與專利取得的成效來看，顯示農業科技研發成果運用之效益正持續強化。為健全農業智慧財產權管理運用制度，以促進農業研發成果朝向商品化及產業化，未來必須由法制面及制度面著手，加強對智慧財產權之保護，才能鼓勵研發與創新，並發展新興高科技產業。而農委會也將著手協助各相關執行單位取得因執行科技計畫所產生之技術、原型、種苗、著作等研發成果，輔導其自行建立研發成果管理與智慧財產權管理制度，藉以保護研究開發之產品，並能確保該單位及我國產業之權益，以提昇研發競爭力。
        有鑑於研究發展是提昇國家產業競爭力之重要關鍵，「科學技術基本法」於88年1月20日經總統公布施行，以做為我國推動科學技術研究發展之基本法源。農委會為健全研發成果運用之法制環境、促進研發成果有效運用、簡化行政程序，以及達成促進整體產業發展等目的，並配合「科學技術基本法」之施行，針對農委會技術類委託研究計畫之研發成果歸屬與運用事宜，於90年訂定「行政院農業委員會科學技術研究發展成果歸屬及運用辦法」（附件1），以落實研發成果下放精神。為確實瞭解各機關（構）在研發成果下放後具備妥善管理並推廣研發成果能力，遂於民國93年開始執行研發成果管理制度評鑑作業，鼓勵並敦促執行單位建立良好的智慧財產權管理制度，即推動達到政府補助執行單位研發之本意。
        另外，為瞭解已通過評鑑機關（構）是否依照該單位之規定落實各項制度，並因應內外環境變遷，將相關機制配合修訂或持續遵守，以落實制度執行之原意；爰此，農委會自96年下半年度啟動追蹤考評作業，進行已執行制度評鑑之機關（構）追蹤考評，從而及早發掘問題並研擬改善措施，亦使研發成果能在良好的環境下持續進行適當運用。
由於科技的研發必定涉及成果之歸屬或管理等相關問題，故由農委會主辦，委託社團法人中華民國管理科學學會（以下簡稱管科會）根據前開運用辦法，執行研發成果管理制度評鑑，以敦促執行機關（構）建立良好的研發成果管理制度，達到政府補助執行單位研發之本意。